L’appellation de notre commune Audincourt proviendrait du nom d’un homme germanique Adwin ou d’une femme Alda et du latin populaire « cortis » qui signifie ferme.
L’occupation du site remonterait à l’âge du bronze final 1, d’après des traces archéologiques.
Les premiers textes faisant mention d’Audincourt datent du XIIème siècle (1140 à 1180). Cette terre fait très vite l’objet de convoitise : l’avouerie de Dasle possédait une partie d’Audincourt aux XIIIème et XIVème siècles, de même que l’abbaye de Belchamp et le chapitre de Saint-Maimboeuf pour une autre partie. De plus, ce village mi-parti est suzerain du seigneur de Blamont d’une part et du comté de Montbéliard d’autre part. Cette situation durera jusqu’au rattachement de la seigneurie de Blamont et du Comté de Montbéliard à la France, respectivement en 1700 et 1793.
Au XVIème siècle, la population de Blamont et de Montbéliard est affranchie de la mainmorte et devient corvéable et taillable. Audincourt devient protestant vers 1540-1541 et à cette époque se trouve rattachée à la paroisse d’Exincourt. Dès 1588, le chef-lieu de paroisse change et l’église-mère est donnée à Audincourt par le Duc Frédéric de Wurtemberg. Au cours du XVIème siècle, Audincourt prend de l’importance avec, en 1523, l’absorption dans son territoire du village de Dâlotte.
Bien que le village eût à subir, comme les autres villages du comté, le passage d’écorcheurs, les troupes du Duc de Guise en 1587-1588, et au siècle suivant la guerre de Trente Ans (1631) avec famine et peste noire, l’exploitation de la mine va jouer un rôle déterminant pour le développement du village. Les forges d’Audincourt sont créées en 1616 à partir d’un barrage sur le Doubs et d’un moulin à égruger à environ un kilomètre du village. Le Doubs, pour la force hydraulique, du bois pour chauffer, du minerai de fer à proximité font que la mine commence son activité rapidement. Incendiées en 1635 par les troupes de Charles de Lorraine, elle ne se relèvera qu’à la fin de la guerre en 1650.
Parallèlement à l’activité des forges, l’agriculture marque le développement d’Audincourt avec l’installation de fermiers anabaptistes qui travaillaient sur le domaine de la famille Thévenot. Ils cultivaient la pomme de terre, le sainfoin et pratiquaient l’irrigation, le marnage et un élevage presque sélectionné, à l’origine de la Montbéliarde. Petit à petit, ces nouvelles cultures et méthodes se répandent et sont utilisées par les autres paysans. Audincourt est donc une commune très prospère durant les XVIIIème et XIXème siècles.
Deux autres secteurs se développent après le rattachement à la France, au cours des XIXème et XX siècles. Une filature avec tissage s’installe en 1819 et la construction mécanique avec l’installation de la firme Peugeot, au début du XXème siècle, dans le quartier de la route de Seloncourt, appelé aujourd’hui « quartier des Autos ».
À partir de 1965, le secteur textile est en crise, les forges ferment en 1968-1971, ce qui entraîne un déséquilibre important pour la ville. Au cours du XXème siècle, d’autres entreprises se sont installées et se développent : la société Peugeot, une chaudronnerie, des entreprises de couverture-isolation, de travaux publics, ce qui a permis de maintenir une activité importante.